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[단독] 새만금개발 맡고 `종부세 폭탄` 맞은 농어촌公

양연호 기자
입력 : 
2020-06-09 17:33:03
수정 : 
2020-06-09 19:39:04

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정부서 토지 소유권 이전후
보유세 비과세 혜택 사라져

4년간 추가 부담만 75억원
조성 후에도 세금 계속내야
국책사업 과세기준 논란
사진설명
올해로 10년째인 새만금 조성공사의 전체 공정률은 4분의 1 수준에 머물러 있다. 사진은 새만금 일대 항공 사진. [사진 제공 = 새만금개발청]
대규모 국책사업인 새만금 산업단지 개발을 국가에서 위탁받아 시행하고 있는 한국농어촌공사가 수십억 원에 달하는 종합부동산세 '폭탄'을 피하지 못할 전망이다. 공사가 새만금지구 내 소유한 토지에 대해 재산세를 매긴 과세당국을 상대로 제기한 과세불복 청구가 조세심판원에서 기각됐기 때문이다. 올해 하반기부터는 서울시 면적의 3분의 2(여의도의 140배)에 이르는 새만금 개발이 본격 진행될 예정인데 유사 방식으로 공기업들이 새만금 개발에 참여하면 세금 부담이 커질 전망이다. 9일 정부에 따르면 조세심판원은 최근 농어촌공사 명의로 소유권이 등록된 새만금 산단 내 토지에 대해 전라북도 군산시가 부과한 8억6000만원 규모 재산세 과세 결정이 정당하다는 내용을 담은 결정문을 공사 측에 보냈다. 해당 토지가 실질적으로는 국가 소유로서 재산세 비과세 대상이라는 공사 측 주장은 받아들이기 어렵다는 게 조세심판원 판단이다.

농림축산식품부 산하 공공기관인 농어촌공사는 새만금 공유수면 매립사업을 국가에서 위탁받아 2009년부터 방수제 공사와 농생명 용지 조성 등을 추진해오고 있다. 공유수면 매립사업비는 농지관리기금 재원에서 나가는데, 농어촌공사는 농지관리기금 관리 수탁기관이다.

그런데 사업 추진 과정에서 농어촌공사 명의로 소유권 이전등기가 이뤄진 매립지에 대해 군산시는 2018년 재산세 4억1000만원과 종부세 14억원, 이듬해인 2019년에는 재산세 4억5000만원과 종부세 44억원을 부과했다. 농어촌공사는 군산시의 이 같은 과세 결정이 정당한지 따져달라며 2018년과 2019년 두 차례에 걸쳐 조세심판원에 행정심판을 청구했다.현행 지방세법에 따르면 국가나 지방자치단체 등이 소유한 재산에 대해서는 재산세가 부과되지 않는다. 공사 측은 과세 대상 토지가 비록 공사 명의로 소유권 이전등기가 됐지만 조성이나 유지·관리 재원이 모두 농림축산식품부 장관이 관리하는 국고이고 실질적인 지배·관리·처분권도 국가에 있으며 관련된 수익금 역시 모두 국고에 귀속되는 등 실질과세 원칙상 국가 소유 토지에 해당하므로 재산세 과세 대상이 될 수 없다고 주장했다.

하지만 조세심판원은 "농어촌공사는 국가에서 독립한 법인격을 가지고 법률행위와 경제행위를 하는 공법인에 해당한다"며 이 같은 주장을 받아들이지 않았다. 국책사업 위탁 시행자로서 매립지를 양여받아 소유권을 취득하면 토지 소유권은 법률상으로나 사실상으로나 공사 측에 있다고 봐야 하며 국가 소유지로 볼 수는 없다는 것이다. 요컨대 만약 농어촌공사가 아닌 농림축산식품부가 직접 이 사업 시행자로서 토지 소유권을 취득했다면 국가 소유 재산에 대해서는 재산세를 부과하지 않는 지방세법 적용을 받았을 것이란 얘기다.

농어촌공사는 해당 세액을 공공자금관리기금 성격인 농지관리기금에서 기금계획을 변경해 이미 납부한 상황이다. 공사 측이 2015~2019년 토지에 대해 납부한 재산세와 종부세는 모두 75억원 규모다. 농지관리기금 수탁 관리기관인 농어촌공사는 새만금 내부 개발사업이 2023년 종료된 이후에도 계속해서 매년 수십억 원에 달하는 보유세를 농지관리기금에서 납부해야 한다. 공공기관 사이에서는 "종부세 본래 취지가 부자에게 부과하는 부유세인데, 공공이익이 최우선 목적인 국책사업을 단지 국가를 대신해 위탁 시행한다는 이유만으로 부담해야 하는 상황이 아쉽다"는 목소리가 나온다.

특히 과세당국의 일관성 없는 판단 기준도 혼란을 키웠다는 지적이다. 농어촌공사는 2014년 군산시가 공유수면 매립으로 조성된 새만금 용지에 대해 취득세 197억여 원을 내라고 과세를 예고 통지하자 이 같은 과세가 잘못됐다며 과세 전 적부 심사 청구를 제기한 바 있다. 당시 전북 지방세심의위원회는 새만금 다기능 용지가 국가 소유이기 때문에 사업 위탁자인 농어촌공사가 취득세를 내지 않아도 된다고 결정해 공사 측 손을 들어줬다.

[양연호 기자]
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